Вычислительная геномика

Вычислительная геномика

Вычислительная геномика использует вычислительный анализ, чтобы расшифровать последовательности генома и связанные с ними данные [1], включая последовательности ДНК и РНК. Также вычислительная геномика может быть определена как раздел биоинформатики, но с тем отличием, что внимание уделяется анализу целых геномов (а не отдельных генов), чтобы понять принципы того, как различные ДНК управляют организмом на молекулярном уровне [2].

История

Корни вычислительной геномики связаны со становлением биоинформатики. В течение 1960-х Маргарет Дейхофф и другие в Национальном Биомедицинском Исследовательский фонде собрали базы данных различных последовательностей белков для эволюционного исследования [3]. В их исследовании строилось филогенетическое дерево, которое определило изменения, требующиеся для определенного белка, чтобы эволюционировать в другой белок. Для этого была создана матрица выигрыша, которая оценивает вероятность связи одного белка с другим.

Начиная с 1980-х годов, геномные последовательности начали регистрироваться в базах данных, но при этом возникли новые проблемы при поиске и сравнении данных об отдельных генах. В отличие от алгоритмов поиска текстов, которые используются на веб-сайтах, в генетических алгоритмах требуется, чтобы нашлись последовательности, которые не просто идентичны, но подобны. Это привело к развитию алгоритма Needleman-Wunsch, который является динамическим программным алгоритмом для того, чтобы сравнить наборы последовательностей аминокислот друг с другом при использовании матриц выигрыша полученных из более раннего исследования Дейхофф. Позже, алгоритм BLAST был развит, чтобы осуществлять быстрые и оптимизированные поиски в базах данных последовательностей генов. BLAST и его модификации - одни из наиболее широко используемых алгоритмов для этой цели [4].

Появление фразы "вычислительная геномика" совпадает с появлением полных аннотированных геномов во второй половине 1990-х годов. Первая ежегодная конференции по вопросам вычислительной геномики была организована учеными из Института геномных исследований (TIGR) в 1998, обеспечивая форум для этой специальности и эффективно отличая эту область науки от более общих областей геномики или вычислительной биологии [5][6]. Впервые в научной литературе этот термин, согласно MEDLINE, был использован одним годом ранее (в журнале Nucleic Acids Research [7]).

Примечания

  1. Koonin EV (2001) Computational Genomics, National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, NIH (PubMed ID: 11267880)
  2. Computational Genomics and Proteomics at MIT
  3. David Mount (2000), Bioinformatics, Sequence and Genome Analysis, pp. 2-3, Cold Spring Harbor Laboratory Press, ISBN 0-87969-597-8
  4. T.A. Brown (1999), Genomes, John Wiley & Sons, ISBN 0-471-31618-0
  5. [backPid]=67&cHash=fd69079f5e The 7th Annual Conference on Computational Genomics (2004)
  6. The 9th Annual Conference on Computational Genomics (2006)
  7. A. Wagner (1997), A computational genomics approach to the identification of gene networks, Nucleic Acids Res., Sep 15;25(18):3594-604, ISSN 0305-1048

Wikimedia Foundation. 2010.

Игры ⚽ Поможем написать реферат

Полезное


Смотреть что такое "Вычислительная геномика" в других словарях:

  • Вычислительная биология — это междисциплинарный подход, использующий достижения информатики (и вычислительной техники), прикладной математики и статистики для решения проблем, поставленных биологией. Главными областями в биологии, которые применяют такие методы, являются …   Википедия

  • Геномика — Геномика  раздел молекулярной генетики, посвящённый изучению генома и генов живых организмов. Содержание 1 История 2 Разделы геномики 2.1 …   Википедия

  • Системная биология — Системная биология  научная дисциплина, образовавшаяся на стыке биологии и теории сложных систем. Впервые термин используется в статье 1993 года авторов W. Zieglgänsberger и TR. Tölle [1]. Является междисциплинарной наукой о жизни.… …   Википедия

  • Молекулярная биология — У этого термина существуют и другие значения, см. Молекулярная биология (журнал). Молекулярная биология  комплекс биологических наук, изучающих механизмы хранения, передачи и реализации генетической информации, строение и функции… …   Википедия

  • Молекулярный биолог — Молекулярная биология комплекс биологических наук, изучающих механизмы хранения, передачи и реализации генетической информации, строение и функции нерегулярных биополимеров (белков и нуклеиновых кислот). Содержание 1 Смежные дисциплины 2 История… …   Википедия

  • Nature Reviews Genetics — Специализация: Генетика Периодичность: ежемесячно Сокращённое название: Nat. Rev. Genet. Язык: Английский Адрес редакции: The Macmillan Building …   Википедия

  • Биоинформатика — математические методы компьютерного анализа в сравнительной геномике (геномная биоинформатика). разработка алгоритмов и программ для предсказания пространственной структуры белков (структурная биоинформатика). исследование стратегий,… …   Википедия

  • Биохимия — У этого термина существуют и другие значения, см. Биохимия (значения). Биохимия (биологическая, или физиологическая химия) наука о химическом составе живых клеток и организмов и о химических процессах, лежащих в основе их жизнедеятельности.… …   Википедия

  • Биологическая химия — Биохимия (биологическая, или физиологическая химия) наука о химическом составе живых клеток и организмов и о химических процессах, лежащих в основе их жизнедеятельности. Термин биохимия эпизодически употреблялся с середины XIX века, но в… …   Википедия

  • Биохимик — Биохимия (биологическая, или физиологическая химия) наука о химическом составе живых клеток и организмов и о химических процессах, лежащих в основе их жизнедеятельности. Термин биохимия эпизодически употреблялся с середины XIX века, но в… …   Википедия


Поделиться ссылкой на выделенное

Прямая ссылка:
Нажмите правой клавишей мыши и выберите «Копировать ссылку»