Rosetta@home

Rosetta@home

Разработчик	Baker laboratory, Вашингтонский университет, Rosetta Commons
Операционная система	Кроссплатформенное программное обеспечение
Первый выпуск	6 октября 2005
Аппаратная платформа	BOINC
Последняя версия	• Rosetta Beta: 5.98, • Rosetta Mini: 3.22
Состояние	Активное
Лицензия	Free for academic and non-profit use, proprietary license available for commercial use[1]
Сайт	http://boinc.bakerlab.org/rosetta

Rosetta@home
Платформа	BOINC
Объём загружаемого ПО	48 МБ
Объём загружаемых данных задания	2,5 МБ
Объём отправляемых данных задания	6—150 КБ
Объём места на диске	130 МБ
Используемый объём памяти	255 МБ
Графический интерфейс	есть
Среднее время расчёта задания	0,5—10 часов (возможно управление временем)
Deadline	10 дней
Возможность использования GPU	нет

Rosetta@Home — проект добровольных вычислений, направленный на решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии — вычисление третичной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершённому проекту «Геном человека» известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. Хотя большая часть проекта ориентируется к фундаментальные исследования в области улучшения точности и надежности методов протеомики, Rosetta@home также способствует прикладным исследованиям для борьбы с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями^[2]. Foldit — это видеоигра от Rosetta@Home, которая стремится достигать целей проекта с краудсорсинг подходом.

Результаты вычислений Rosetta@Home не доступны напрямую. Так же, нельзя использовать результаты вычислений собственного компьютера.^[3] Однако они используются для большого количества научных публикаций.^[4]

По сути Rosetta — это компьютерная программа, основными задачами которой являются:

• поиск структуры с наименьшей энергией для заданной аминокислотной последовательности для предсказания структуры белка;
• решение обратной задачи — поиск аминокислотной последовательности с наименьшей энергией для заданной белковой структуры;
• расчёт взаимодействия комплекса белок-белок.

В данном проекте используется обратная связь по прогнозированию и полученным результатам, чтобы улучшать потенциальные функции и алгоритмы поиска.

Robetta

Университетом Вашингтона так же поддерживается проект Robetta. На сайте проекта любой может запустить расчёт белков. Робетта использует тот же софт, что и Rosetta@home, но не использует ресурсы участников (это планируется в будущем)^[5]. Результаты расчётов доступны для скачивания не только запустившему задачу, но и любому желающему, однако хранятся на сервере всего неделю.^[6]

Результаты, полученные проектом Робетта на данный момент могут быть использованы только в образовательных и исследовательских целях. Для коммерческого использования (например, для изготовления лекарств)^[7] предлагается лицензировать rosetta и запускать на собственном оборудовании.

Примечания

1. ↑ Portfolio Highlight: Rosetta++ Software Suite  (англ.). UW TechTransfer – Digital Ventures. Архивировано из первоисточника 16 февраля 2012. Проверено 7 сентября 2008.
2. ↑ Rosetta@Home — Исследования, связанные с болезнями
3. ↑ Правила использования Rosetta
4. ↑ публикации Baker Lab
5. ↑ http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_about.php#plans
6. ↑ Robetta FAQ
7. ↑ Правила использования материалов Robetta

См. также

• Добровольные вычисления
• BOINC

Ссылки

• Официальный сайт проекта
• Российский сайт распределённых вычислений
• Кто организует распределённые вычисления и кто в них участвует?
• Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home?
• Научный FAQ по проекту Rosetta@Home
• FAQ по проекту Rosetta@Home Русский перевод
• Краткий обзор исследований
• Исследование Болезней
• Сравнение биомедицинских проектов распределённых вычислений
• Перевод статьи о проекте на сайте Livescience.com
• Помогать науке можно играя